Sulfonace hraje důležitou roli v oblasti moderního chemického průmyslu a je důležitým krokem v syntéze různých organických produktů. Je široce používán v lékařství, pesticidech, palivech, detergentech a ropném průmyslu. Některá léčiva mají určité problémy při klinické aplikaci kvůli jejich špatné rozpustnosti ve vodě, jako je nízká biologická dostupnost, velké dávkování, pomalá absorpce tablet nebo kapslí. Po sulfonaci mohou tyto sloučeniny nejen zvýšit jejich rozpustnost ve vodě, ale také zvýšit jejich biologickou aktivitu.